Tahun pelajaran 2016/2017, SD Negeri Karangtowo (SDN Karangtowo) menetapkan penggunaan logo sekolah. Logo tersebut didesain oleh Abdul Jalil (salah seorang guru di SDN Karangtowo) atas arahan kepala sekolah. Berikut adalah penjelasan masing-masing detil pada logo dimaksud:
